Stopnja varnosti je odvisna predvsem od uporabnikov spletnih tehnologij samih. Vaša obveza je, da skrbno in preudarno skrbite za identifikacijske medije in varnost svojega osebnega računalnika oz. delovne postaje, da nepooblaščeni osebi onemogočite dostop do vaše kartice in identifikacijskega gesla, za varnost v banki pa smo poskrbeli mi z najnovejšimi tehnologijami in preprekami, ki zunanjim vsiljivcem onemogočajo dostope.
Varnost digitalne prijave in podpisovanja je odvisna tudi od nosilca oz. medija, na katerem imetnik digitalnega potrdila hrani svoj zasebni ključ.
Trenutno največjo varnost zagotavljajo pametne kartice, katerih glavna prednost je ta, da zasebni ključ nikoli ne zapusti kartice, saj šifriranje in digitalno podpisovanje poteka kar na sami pametni kartici.
Pametne kartice so trenutno najvarnejša tehnologija za shranjevanje kvalificiranih digitalnih potrdil.
Pametna kartica je »majhen računalnik«, zasnovan na kriptografskih vezjih. Zasebni ključ je varno shranjen na kartici in je nikoli ne zapusti, tudi ko podpisujemo ali dešifriramo podatke, saj šifriranje in digitalno podpisovanje poteka v mikroprocesorju na sami kartici. Dostop za uporabo pametne kartice je zaščiten z geslom (PIN koda), ki uporabniku ne omogoča dostopa do zasebnega ključa, ampak zgolj do digitalnega podpisovanja.
Varnost elektronskega podpisovanja temelji tudi na dolžini javnih in zasebnih ključev, saj le z dovolj velikimi ključi lahko onemogočimo razbitje javnega ključa in s tem določitev pripadajočega zasebnega ključa.
Osnovni pogoj za uporabo varnostnih metod elektronskega poslovanja pa je overjanje javnih ključev, ki ga v svetu elektronskega poslovanja izvajajo overitelji oz. certifikatne agencije (Certification Authority - CA). Overitelj izda lastniku digitalno potrdilo, s katerim imetnik dokazuje lastništvo ključa in z digitalnim podpisom tudi svojo identiteto v svetu elektronskega poslovanja.
